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增强子鉴定新技术研发成功?该技术平均分辨率提高了约10倍

2023/12/29 10:15:19 来源:中国科技网

12月27日,记者从中国农业科学院深圳农业基因组研究所获悉,该所动物功能基因组学创新团队研发出增强子鉴定新技术,与传统技术相比,该技术平均分辨率提高了约10倍,为基因组的精确注释提供了新的方法。相关研究成果日前发表在国际权威期刊《核酸研究》上。

增强子是DNA上一小段可与蛋白质结合的区域,与蛋白质结合之后,基因的转录作用将会加强。增强子是一种基因组非编码区的顺式调控元件,与启动子相互作用调控基因的表达。对增强子的正确鉴定有助于理解基因表达机制。然而目前不同的技术对增强子鉴定的长度差别较大,导致基因组中这些增强子区域没有被正确解读。

增强子鉴定新技术与其他技术的对比图。中国农业科学院深圳农业基因组研究所供图

据论文通讯作者、中国农业科学院深圳农业基因组研究所副研究员孔思远介绍,为了解决这一问题,科研团队开发了增强子鉴定新技术。“在这项研究中,我们设计了具有不同长度的短的随机核苷酸,用于高通量发现功能增强子。为了筛选功能增强子,我们使用最小的启动子来测试荧光报告基因上游增强子的活性。”孔思远说。

据悉,该技术的优势在于具有较高的准确性和一致性,可以有效地去除序列冗余,直接鉴定序列的增强子功能。它还可以大规模地进行增强子鉴定,适用于多种细胞类型。


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